에반게리온: 서편으로부터 그리 얼마 지나지 않은 시각, 이카리 신지는 아버지 이카리 겐도와 함께 어머니의 성묘를 간다.  하지만 아직도 둘 사이의 관계는 소원하고, 마중 나온 카츠라기 미사토는 신지를 위로해 주지만 본인은 감흥이 없는 것 같다. 그 순간 제7사도가 습격해오고, 미사토는 0호기를 우선 출격시키려 하나 하늘에서 강하해오는 시키나미 아스카 랑그레이가 탑승한 에반게리온 2호기에 의해 사도는 소멸한다.  에반게리온의 탑승에 큰 자부심을 느끼는 그녀의 당돌함은 자신에 대해 늘 회의적이었던 신지의 마음에 변화를 가져다준다.  그리고 그녀와 동거하게 되면서 신지와 아스카는 굳게 닫혀있던 서로의 마음을 열어간다. 한편 그 시각, 유럽 어딘가에서는 가설 에반게리온 5호기가 제3사도와 전투를 벌이고 있었다.